TY - BOOK AU - Gee, H. PY - 2018 DA - 2018// TI - Across the bridge: understanding the origin of the vertebrates PB - The University of Chicago Press CY - Chicago UR - https://doi.org/10.7208/chicago/9780226403199.001.0001 DO - 10.7208/chicago/9780226403199.001.0001 ID - Gee2018 ER - TY - BOOK PY - 2011 DA - 2011// TI - Volume 1, Books I-X: Text (Cambridge Classical Texts and Commentaries) ID - ref2 ER - TY - BOOK AU - Balfour, F. M. PY - 1880 DA - 1880// TI - A treatise on comparative embryology PB - Macmillan CY - London UR - https://doi.org/10.5962/bhl.title.3756 DO - 10.5962/bhl.title.3756 ID - Balfour1880 ER - TY - BOOK AU - Yarrell, W. A. PY - 1836 DA - 1836// TI - History of British fishes. Vol. 1 and Suppl PB - John Van Voorst CY - London UR - https://doi.org/10.5962/bhl.title.155406 DO - 10.5962/bhl.title.155406 ID - Yarrell1836 ER - TY - STD TI - Huxley TH. Observations upon the anatomy and physiology of Salpa and Pyrosoma. Philos Trans R Soc. 1851;part ii:567-594. ID - ref5 ER - TY - BOOK AU - Lamarck, J. B. PY - 1794 DA - 1794// TI - Recherches sur les causes des principaux faits physiques PB - Tome Second CY - Paris ID - Lamarck1794 ER - TY - BOOK AU - Darwin, C. PY - 1859 DA - 1859// TI - On the origin of species PB - Murray CY - London ID - Darwin1859 ER - TY - BOOK AU - Haeckel, E. PY - 1866 DA - 1866// TI - Generelle morphologie der organismen. Berlin PB - Verlagvon Georg Reimer CY - Germany UR - https://doi.org/10.1515/9783110848281 DO - 10.1515/9783110848281 ID - Haeckel1866 ER - TY - JOUR AU - Kowalevsky, A. PY - 1866 DA - 1866// TI - Entwicklungsgeschichte der einfachen Ascidien JO - Mem Acad St Petersbourg Ser VL - 7 ID - Kowalevsky1866 ER - TY - JOUR AU - Kowalevsky, A. PY - 1867 DA - 1867// TI - Entwicklungsgeschichte des Amphioxus lanceolatus JO - Mem Acad St Petersbourg Ser VL - 7 ID - Kowalevsky1867 ER - TY - JOUR AU - Lankester, E. R. PY - 1877 DA - 1877// TI - Notes on the embryology and classification of the animal kingdom: comprising a revision of speculation relative to the origin and significance of germ layers JO - Quart J Microsc Soc VL - 17 ID - Lankester1877 ER - TY - JOUR AU - Aguinaldo, A. M. AU - Turbeville, J. M. AU - Linford, L. S. AU - Rivera, M. C. AU - Garey, J. R. AU - Raff, R. A. AU - Lake, J. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Evidence for a clade of nematodes arthropods and other moulting animals JO - Nature VL - 387 UR - https://doi.org/10.1038/387489a0 DO - 10.1038/387489a0 ID - Aguinaldo1997 ER - TY - JOUR AU - Dunn, C. W. AU - Hejnol, A. AU - Matus, D. Q. AU - Pang, K. AU - Browne, W. E. AU - Smith, S. A. AU - Seaver, E. AU - Rouse, G. W. AU - Obst, M. AU - Edgecombe, G. D. AU - Sørensen, M. V. AU - Haddock, S. H. AU - Schmidt-Rhaesa, A. AU - Okusu, A. AU - Kristensen, R. M. AU - Wheeler, W. C. AU - Martindale, M. Q. AU - Giribet, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06614 DO - 10.1038/nature06614 ID - Dunn2008 ER - TY - JOUR AU - Swalla, B. J. AU - Cameron, C. B. AU - Corley, L. S. AU - Garey, J. R. PY - 2000 DA - 2000// TI - Urochordates are monophyletic within the deuterostomes JO - Syst Biol VL - 49 ID - Swalla2000 ER - TY - JOUR AU - Zeng, L. AU - Swalla, B. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Molecular phylogeny of the protochordates: chordate evolution JO - Can J Zool VL - 83 UR - https://doi.org/10.1139/z05-010 DO - 10.1139/z05-010 ID - Zeng2005 ER - TY - JOUR AU - Satoh, N. AU - Rokhsarm, D. AU - Nishiakawa, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chordate evolution and the three-phylum system. Proc Roy. Soc JO - B VL - 281 ID - Satoh2014 ER - TY - BOOK AU - Satoh, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chordate origins and evolution PB - Academic Press CY - NY ID - Satoh2016 ER - TY - JOUR AU - Ryan, J. F. AU - Pang, K. AU - Schnitzler, C. E. AU - Nguyen, A. D. AU - Moreland, R. T. AU - Simmons, D. K. AU - Koch, B. J. AU - Francis, W. R. AU - Havlak, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - NISC comparative sequencing program, Smith SA, Putnam NH, Haddock SH, Dunn CW, Wolfsberg TG, Mullikin JC, Martindale MQ, Baxevanis AD. The genome of the Ctenophoe Mnemiopsis leidyi and its implications for cell type evolution JO - Science VL - 342 UR - https://doi.org/10.1126/science.1242592 DO - 10.1126/science.1242592 ID - Ryan2013 ER - TY - JOUR AU - Moroz, L. L. AU - Kocot, K. M. AU - Citarella, M. R. AU - Dosung, S. AU - Norekian, T. P. AU - Povolotskaya, I. S. AU - Grigorenko, A. P. AU - Dailey, C. AU - Berezikov, E. AU - Buckley, K. M. AU - Ptitsyn, A. AU - Reshetov, D. AU - Mukherjee, K. AU - Moroz, T. P. AU - Bobkova, Y. AU - Yu, F. AU - Kapitonov, V. V. AU - Jurka, J. AU - Bobkov, Y. V. AU - Swore, J. J. AU - Girardo, D. O. AU - Fodor, A. AU - Gusev, F. AU - Sanford, R. AU - Bruders, R. AU - Kittler, E. AU - Mills, C. E. AU - Rast, J. P. AU - Derelle, R. AU - Solovyev, V. V. AU - Kondrashov, F. A. AU - Swalla, B. J. AU - Sweedler, J. V. AU - Rogaev, E. I. AU - Halanych, K. M. AU - Kohn, A. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - The ctenophore genome and the evolutionary origin of neural systems JO - Nature VL - 510 UR - https://doi.org/10.1038/nature13400 DO - 10.1038/nature13400 ID - Moroz2014 ER - TY - JOUR AU - Philippe, H. AU - Brinkmann, H. AU - Copley, R. R. AU - Moroz, L. L. AU - Nakano, H. AU - Poustka, A. J. AU - Wallberg, A. AU - Peterson, K. J. AU - Telford, M. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Acoelomorph flatworms are deuterostomes related to Xenoturbella JO - Nature VL - 470 UR - https://doi.org/10.1038/nature09676 DO - 10.1038/nature09676 ID - Philippe2011 ER - TY - BOOK AU - Nielsen, C. PY - 1995 DA - 1995// TI - Animal evolution: interrelationships of the living phyla PB - Oxford University Press CY - New York ID - Nielsen1995 ER - TY - JOUR AU - Halanych, K. M. AU - Bacheller, J. D. AU - Aguinaldo, A. M. AU - Liva, S. M. AU - Hillis, D. M. AU - Lake, J. A. PY - 1995 DA - 1995// TI - Evidence from 18S ribosomal DNA that the lophophorates are protostome animals JO - Science VL - 267 UR - https://doi.org/10.1126/science.7886451 DO - 10.1126/science.7886451 ID - Halanych1995 ER - TY - JOUR AU - Laumer, C. E. AU - Bekkouche, N. AU - Kerbl, A. AU - Goetz, F. AU - Neves, R. C. AU - Sørensen, M. V. AU - Kristensen, R. M. AU - Hejnol, A. AU - Dunn, C. W. AU - Giribet, G. AU - Worsaae, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Spiralian phylogeny informs the evolution of microscopic lineages JO - Curr Biol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2015.06.068 DO - 10.1016/j.cub.2015.06.068 ID - Laumer2015 ER - TY - STD TI - Brusca RC, Brusca GJ. Invertebrates. 2nd ed. Massachusetts: Sinaur Associates; 2003. ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Struck, T. H. AU - Paul, C. AU - Hill, N. AU - Hartmann, S. AU - Hösel, C. AU - Kube, M. AU - Lieb, B. AU - Meyer, A. AU - Tiedemann, R. AU - Purschke, G. AU - Bleidorn, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phylogenic analyses unravel annelid evolution JO - Nature VL - 471 UR - https://doi.org/10.1038/nature09864 DO - 10.1038/nature09864 ID - Struck2011 ER - TY - JOUR AU - Alföldi, J. AU - Palma, F. AU - Grabherr, M. AU - Williams, C. AU - Kong, L. AU - Mauceli, E. AU - Russell, P. AU - Lowe, C. B. AU - Glor, R. E. AU - Jaffe, J. D. AU - Ray, D. A. AU - Boissinot, S. AU - Shedlock, A. M. AU - Botka, C. AU - Castoe, T. A. AU - Colbourne, J. K. AU - Fujita, M. K. AU - Moreno, R. G. AU - Hallers, B. F. AU - Haussler, D. AU - Heger, A. AU - Heiman, D. AU - Janes, D. E. AU - Johnson, J. AU - Jong, P. J. AU - Koriabine, M. Y. AU - Lara, M. AU - Novick, P. A. AU - Organ, C. L. AU - Peach, S. E. AU - Poe, S. AU - Pollock, D. D. AU - Queiroz, K. AU - Sanger, T. AU - Searle, S. AU - Smith, J. D. AU - Smith, Z. AU - Swofford, R. AU - Turner-Maier, J. AU - Wade, J. AU - Young, S. AU - Zadissa, A. AU - Edwards, S. V. AU - Glenn, T. C. AU - Schneider, C. J. AU - Losos, J. B. AU - Lander, E. S. AU - Breen, M. AU - Ponting, C. P. AU - Lindblad-Toh, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - The genome of the green anole lizard and comparative analysis with birds and mammals JO - Nature VL - 477 UR - https://doi.org/10.1038/nature10390 DO - 10.1038/nature10390 ID - Alföldi2011 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspective on vertebrate evolution JO - Nature VL - 432 UR - https://doi.org/10.1038/nature03154 DO - 10.1038/nature03154 ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Hedges, S. B. AU - Poling, L. L. PY - 1999 DA - 1999// TI - A molecular phylogeny of reptiles JO - Science VL - 283 UR - https://doi.org/10.1126/science.283.5404.998 DO - 10.1126/science.283.5404.998 ID - Hedges1999 ER - TY - JOUR AU - Wada, H. AU - Satoh, N. PY - 1994 DA - 1994// TI - Details of the evolutionary history from invertebrates to vertebrates, as deduced from the sequences of 18S rDNA JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 91 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.91.5.1801 DO - 10.1073/pnas.91.5.1801 ID - Wada1994 ER - TY - JOUR AU - Halanych, K. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - The phylogenetic position of the pterobranch hemichordates based on 18S rDNA sequence data JO - Mol Phylogenet Evol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1006/mpev.1995.1007 DO - 10.1006/mpev.1995.1007 ID - Halanych1995 ER - TY - JOUR AU - Metchnikoff, E. PY - 1881 DA - 1881// TI - Uber die systematische Stellung von Balanoglossus JO - Zool Anz VL - 4 ID - Metchnikoff1881 ER - TY - JOUR AU - Delsuc, F. AU - Brinkmann, H. AU - Chourrout, D. AU - Philippe, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Tunicates and not cephalochordates are the closest living relatives of vertebrates JO - Nature VL - 439 UR - https://doi.org/10.1038/nature04336 DO - 10.1038/nature04336 ID - Delsuc2006 ER - TY - JOUR AU - Bourlat, S. J. AU - Juliusdottir, T. AU - Lowe, C. J. AU - Freeman, R. AU - Aronowicz, J. AU - Kirschner, M. AU - Lander, E. S. AU - Thorndyke, M. AU - Nakano, H. AU - Kohn, A. B. AU - Heyland, A. AU - Moroz, L. L. AU - Copley, R. R. AU - Telford, M. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Deuterostome phylogeny reveals monophyletic chordates and the new phylum Xenoturbellida JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05241 DO - 10.1038/nature05241 ID - Bourlat2006 ER - TY - JOUR AU - Putnam, N. H. AU - Butts, T. AU - Ferrier, D. E. AU - Furlong, R. F. AU - Hellsten, U. AU - Kawashima, T. AU - Robinson-Rechavi, M. AU - Shoguchi, E. AU - Terry, A. AU - Yu, J. K. AU - Benito-Gutiérrez, E. L. AU - Dubchak, I. AU - Garcia-Fernàndez, J. AU - Gibson-Brown, J. J. AU - Grigoriev, I. V. AU - Horton, A. C. AU - Jong, P. J. AU - Jurka, J. AU - Kapitonov, V. V. AU - Kohara, Y. AU - Kuroki, Y. AU - Lindquist, E. AU - Lucas, S. AU - Osoegawa, K. AU - Pennacchio, L. A. AU - Salamov, A. A. AU - Satou, Y. AU - Sauka-Spengler, T. AU - Schmutz, J. AU - Shin-I, T. AU - Toyoda, A. AU - Bronner-Fraser, M. AU - Fujiyama, A. AU - Holland, L. Z. AU - Holland, P. W. AU - Satoh, N. AU - Rokhsar, D. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06967 DO - 10.1038/nature06967 ID - Putnam2008 ER - TY - JOUR AU - Simakov, O. AU - Kawashima, T. AU - Marlétaz, F. AU - Jenkins, J. AU - Koyanagi, R. AU - Mitros, T. AU - Hisata, K. AU - Bredeson, J. AU - Shoguchi, E. AU - Gyoja, F. AU - Yue, J. X. AU - Chen, Y. C. AU - Freeman, R. M. AU - Sasaki, A. AU - Hikosaka-Katayama, T. AU - Sato, A. AU - Fujie, M. AU - Baughman, K. W. AU - Levine, J. AU - Gonzalez, P. AU - Cameron, C. AU - Fritzenwanker, J. H. AU - Pani, A. M. AU - Goto, H. AU - Kanda, M. AU - Arakaki, N. AU - Yamasaki, S. AU - Qu, J. AU - Cree, A. AU - Ding, Y. AU - Dinh, H. H. AU - Dugan, S. AU - Holder, M. AU - Jhangiani, S. N. AU - Kovar, C. L. AU - Lee, S. L. AU - Lewis, L. R. AU - Morton, D. AU - Nazareth, L. V. AU - Okwuonu, G. AU - Santibanez, J. AU - Chen, R. AU - Richards, S. AU - Muzny, D. M. AU - Gillis, A. AU - Peshkin, L. AU - Wu, M. AU - Humphreys, T. AU - Su, Y. H. AU - Putnam, N. H. AU - Schmutz, J. AU - Fujiyama, A. AU - Yu, J. K. AU - Tagawa, K. AU - Worley, K. C. AU - Gibbs, R. A. AU - Kirschner, M. W. AU - Lowe, C. J. AU - Satoh, N. AU - Rokhsar, D. S. AU - Gerhart, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Hemichordate genomes and deuterostome origins JO - Nature VL - 493 UR - https://doi.org/10.1038/nature11696 DO - 10.1038/nature11696 ID - Simakov2015 ER - TY - JOUR AU - Nossa, C. W. AU - Havlak, P. AU - Yue, J. -. X. AU - Lv, J. AU - Vincent, K. Y. AU - Brockmann, H. J. AU - Putnam, N. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Joint assembly and genetic mapping of the Atlantic horseshoe crab genome reveals ancient whole genome duplication JO - Gigascience VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/2047-217X-3-9 DO - 10.1186/2047-217X-3-9 ID - Nossa2014 ER - TY - JOUR AU - Schwager, E. E. AU - Sharma, P. P. AU - Clarke, T. AU - Leite, D. J. AU - Wierschin, T. AU - Pechmann, M. AU - Akiyama-Oda, Y. AU - Esposito, L. AU - Bechsgaard, J. AU - Bilde, T. AU - Buffry, A. D. AU - Chao, H. AU - Dinh, H. AU - Doddapaneni, H. AU - Dugan, S. AU - Eibner, C. AU - Extavour, C. G. AU - Funch, P. AU - Garb, J. AU - Gonzalez, L. B. AU - Gonzalez, V. L. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Han, Y. AU - Hayashi, C. AU - Hilbrant, M. AU - Hughes, D. S. T. AU - Janssen, R. AU - Lee, S. L. AU - Maeso, I. AU - Murali, S. C. AU - Muzny, D. M. AU - Nunes da Fonseca, R. AU - Paese, C. L. B. AU - Qu, J. AU - Ronshaugen, M. AU - Schomburg, C. AU - Schönauer, A. AU - Stollewerk, A. AU - Torres-Oliva, M. AU - Turetzek, N. AU - Vanthournout, B. AU - Werren, J. H. AU - Wolff, C. AU - Worley, K. C. AU - Bucher, G. AU - Gibbs, R. A. AU - Coddington, J. AU - Oda, H. AU - Stanke, M. AU - Ayoub, N. A. AU - Prpic, N. M. AU - Flot, J. F. AU - Posnien, N. AU - Richards, S. AU - McGregor, A. P. PY - 2017 DA - 2017// TI - The house spider genome reveals an ancient whole genome duplication during arachnid evolution JO - BMC Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s12915-017-0399-x DO - 10.1186/s12915-017-0399-x ID - Schwager2017 ER - TY - JOUR AU - Li, Z. AU - Tiley, G. P. AU - Galuska, S. R. AU - Reardon, C. R. AU - Kidder, T. I. AU - Rundell, R. J. AU - Barker, M. S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Multiple large-scale gene and genome duplications during the evolution of hexapods JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 115 ID - Li2018 ER - TY - JOUR AU - Garcia-Fernández, J. AU - Holland, P. W. PY - 1994 DA - 1994// TI - Archetypal organization of the amphioxus Hox gene cluster JO - Nature VL - 370 UR - https://doi.org/10.1038/370563a0 DO - 10.1038/370563a0 ID - Garcia-Fernández1994 ER - TY - JOUR AU - Ferrier, D. E. AU - Mingullon, C. AU - Holland, P. W. AU - Garcia-Fernandez, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - The amphioxus Hox cluster: deuterostome posterior flexibility and Hox14 JO - Evol Devel VL - 2 UR - https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2000.00070.x DO - 10.1046/j.1525-142x.2000.00070.x ID - Ferrier2000 ER - TY - JOUR AU - Amemiya, C. T. AU - Prohaska, S. J. AU - Hill-Force, A. AU - Cook, A. AU - Wasserscheid, J. AU - Ferrier, D. E. AU - Pascual-Anaya, J. AU - Garcia-Fernàndez, J. AU - Dewar, K. AU - Stadler, P. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - The amphioxus Hox cluster: characterization, comparative genomics, and evolution JO - J Exp Zool B Mol Dev Evol VL - 310 UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21213 DO - 10.1002/jez.b.21213 ID - Amemiya2008 ER - TY - JOUR AU - Cameron, C. B. AU - Garey, J. R. AU - Swalla, B. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Evolution of the chordate body plan: new insights from phylogenetic analyses of deuterostome phyla JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.97.9.4469 DO - 10.1073/pnas.97.9.4469 ID - Cameron2000 ER - TY - JOUR AU - Freeman, R. AU - Ikuta, T. AU - Wu, M. AU - Koyanagi, R. AU - Kawashima, T. AU - Tagawa, K. AU - Humphreys, T. AU - Fang, G. C. AU - Fujiyama, A. AU - Saiga, H. AU - Lowe, C. AU - Worley, K. AU - Jenkins, J. AU - Schmutz, J. AU - Kirschner, M. AU - Rokhsar, D. AU - Satoh, N. AU - Gerhart, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identical genomic organization of two hemichordate hox cluster JO - Curr Biol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2012.08.052 DO - 10.1016/j.cub.2012.08.052 ID - Freeman2012 ER - TY - JOUR AU - Cameron, R. A. AU - Rowen, L. AU - Nesbitt, R. AU - Bloom, S. AU - Rast, J. P. AU - Berney, K. AU - Arenas-Mena, C. AU - Martinez, P. AU - Lucas, S. AU - Richardson, P. M. AU - Davidson, E. H. AU - Peterson, K. J. AU - Hood, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Unusual gene order and organization of the sea urchin hox cluster JO - J Exp Zool B Mol Dev Evol VL - 306 UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21070 DO - 10.1002/jez.b.21070 ID - Cameron2006 ER - TY - JOUR AU - Baughman, K. W. AU - McDougall, C. AU - Cummins, S. F. AU - Hall, M. AU - Degnan, B. M. AU - Satoh, N. AU - Shoguchi, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genomic organization of Hox and ParaHox clusters in the echinoderm, Acanthaster planci JO - Genesis VL - 52 UR - https://doi.org/10.1002/dvg.22840 DO - 10.1002/dvg.22840 ID - Baughman2014 ER - TY - JOUR AU - Dehal, P. AU - Satou, Y. AU - Campbell, R. K. AU - Chapman, J. AU - Degnan, B. AU - Tomaso, A. AU - Davidson, B. AU - Gregorio, A. AU - Gelpke, M. AU - Goodstein, D. M. AU - Harafuji, N. AU - Hastings, K. E. AU - Ho, I. AU - Hotta, K. AU - Huang, W. AU - Kawashima, T. AU - Lemaire, P. AU - Martinez, D. AU - Meinertzhagen, I. A. AU - Necula, S. AU - Nonaka, M. AU - Putnam, N. AU - Rash, S. AU - Saiga, H. AU - Satake, M. AU - Terry, A. AU - Yamada, L. AU - Wang, H. G. AU - Awazu, S. AU - Azumi, K. AU - Boore, J. AU - Branno, M. AU - Chin-Bow, S. AU - DeSantis, R. AU - Doyle, S. AU - Francino, P. AU - Keys, D. N. AU - Haga, S. AU - Hayashi, H. AU - Hino, K. AU - Imai, K. S. AU - Inaba, K. AU - Kano, S. AU - Kobayashi, K. AU - Kobayashi, M. AU - Lee, B. I. AU - Makabe, K. W. AU - Manohar, C. AU - Matassi, G. AU - Medina, M. AU - Mochizuki, Y. AU - Mount, S. AU - Morishita, T. AU - Miura, S. AU - Nakayama, A. AU - Nishizaka, S. AU - Nomoto, H. AU - Ohta, F. AU - Oishi, K. AU - Rigoutsos, I. AU - Sano, M. AU - Sasaki, A. AU - Sasakura, Y. AU - Shoguchi, E. AU - Shin-i, T. AU - Spagnuolo, A. AU - Stainier, D. AU - Suzuki, M. M. AU - Tassy, O. AU - Takatori, N. AU - Tokuoka, M. AU - Yagi, K. AU - Yoshizaki, F. AU - Wada, S. AU - Zhang, C. AU - Hyatt, P. D. AU - Larimer, F. AU - Detter, C. AU - Doggett, N. AU - Glavina, T. AU - Hawkins, T. AU - Richardson, P. AU - Lucas, S. AU - Kohara, Y. AU - Levine, M. AU - Satoh, N. AU - Rokhsar, D. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The draft genome of Ciona intestinalis: insight into chordate and vertebrate origins JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1080049 DO - 10.1126/science.1080049 ID - Dehal2002 ER - TY - JOUR AU - Spagnuolo, A. AU - Ristoratore, F. AU - Gregorio, A. AU - Aniello, F. AU - Branno, M. AU - Lauro, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Unusual number and genomic organization of Hox genes in the tunicate Ciona intestinalis JO - Genes VL - 309 ID - Spagnuolo2003 ER - TY - JOUR AU - Ikuta, T. AU - Yoshida, N. AU - Satoh, N. AU - Saiga, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ciona intestinalis Hox gene cluster: its dispersed structure and residual colinear expression in development JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401389101 DO - 10.1073/pnas.0401389101 ID - Ikuta2004 ER - TY - JOUR AU - Shoguchi, E. AU - Hamaguchi, M. AU - Satoh, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide network of regulatory genes for construction of a chordate embryo JO - Dev Biol VL - 316 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2008.01.009 DO - 10.1016/j.ydbio.2008.01.009 ID - Shoguchi2008 ER - TY - JOUR AU - Duboule, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - The rise and fall of Hox gene cluster JO - Development VL - 134 UR - https://doi.org/10.1242/dev.001065 DO - 10.1242/dev.001065 ID - Duboule2007 ER - TY - JOUR AU - Liang, D. AU - Wu, R. AU - Geng, J. AU - Wang, C. AU - Zhang, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - A general scenario of Hox gene inventory variation among major sarcopterygian lineage JO - BMC Evol Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-11-25 DO - 10.1186/1471-2148-11-25 ID - Liang2011 ER - TY - JOUR AU - King, B. L. AU - Gillis, J. A. AU - Carlisle, H. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dahn RD. a natural deletion of the Hox cluster in elasmobranch fishes JO - Science VL - 334 UR - https://doi.org/10.1126/science.1210912 DO - 10.1126/science.1210912 ID - King2011 ER - TY - JOUR AU - Mungpakdee, S. AU - Seo, H. C. AU - Angotzi, A. R. AU - Dong, X. AU - Akalin, A. AU - Chourrout, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Differential evolution of the 13 Atratic salmon Hox clusters JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn097 DO - 10.1093/molbev/msn097 ID - Mungpakdee2008 ER - TY - JOUR AU - Stadler, P. F. AU - Fried, C. AU - Prohaska, S. J. AU - Bailey, W. J. AU - Misof, B. Y. AU - Ruddle, F. H. AU - Wagner, G. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evidence for independent Hox gene duplications in the hagfish lineage: a PCR-based gene inventory of Eptatretus stoutii JO - Mol Phylogenet Evol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2004.03.015 DO - 10.1016/j.ympev.2004.03.015 ID - Stadler2004 ER - TY - JOUR AU - Pascual-Anaya, J. AU - Sato, I. AU - Sugahara, F. AU - Higuchi, S. AU - Paps, J. AU - Ren, Y. AU - Takagi, W. AU - Ruiz-Villalba, A. AU - Ota, K. G. AU - Wang, W. AU - Kuratani, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Hagfish and lamprey Hox genes reveal conservation of temporal colinearity in vertebrates JO - Nat Ecol Evol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/s41559-018-0526-2 DO - 10.1038/s41559-018-0526-2 ID - Pascual-Anaya2018 ER - TY - JOUR AU - Smith, J. J. AU - Keinath, M. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - The sea lamprey meiotic map improves resolution of ancient vertebrate genome duplication JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.184135.114 DO - 10.1101/gr.184135.114 ID - Smith2015 ER - TY - JOUR AU - Smith, J. J. AU - Timonshevskaya, N. AU - Ye, C. AU - Holt, C. AU - Keinath, M. C. AU - Parker, H. J. AU - Cook, M. E. AU - Hess, J. E. AU - Narum, S. R. AU - Lamanna, F. AU - Kaessmann, H. AU - Timoshevskiy, V. A. AU - Waterbury, C. K. M. AU - Saraceno, C. AU - Wiedemann, L. M. AU - Robb, S. M. C. AU - Baker, C. AU - Eichler, E. E. AU - Hockman, D. AU - Sauka-Spengler, T. AU - Yandell, M. AU - Krumlauf, R. AU - Elgar, G. AU - Amemiya, C. T. PY - 2018 DA - 2018// TI - The sea lamprey germline genome provides insights into programmed genome rearrangement and vertebrate evlution JO - Nat Genet VL - 50 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-017-0036-1 DO - 10.1038/s41588-017-0036-1 ID - Smith2018 ER - TY - JOUR AU - Gans, C. AU - Northcutt, R. G. PY - 1983 DA - 1983// TI - Neural crest and the origin of vertebrates: a new head JO - Science VL - 220 UR - https://doi.org/10.1126/science.220.4594.268 DO - 10.1126/science.220.4594.268 ID - Gans1983 ER - TY - BOOK AU - Kargong, K. V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Vertebrates Comparative anatomy, function evolution PB - McGraw-Hill CY - New York ID - Kargong2009 ER - TY - JOUR AU - Simakov, O. AU - Marletaz, F. AU - Cho, S. J. AU - Edsinger-Gonzales, E. AU - Havlak, P. AU - Hellsten, U. AU - Kuo, D. H. AU - Larsson, T. AU - Lv, J. AU - Arendt, D. AU - Savage, R. AU - Osoegawa, K. AU - Jong, P. AU - Grimwood, J. AU - Chapman, J. A. AU - Shapiro, H. AU - Aerts, A. AU - Otillar, R. P. AU - Terry, A. Y. AU - Boore, J. L. AU - Grigoriev, I. V. AU - Lindberg, D. R. AU - Seaver, E. C. AU - Weisblat, D. A. AU - Putnam, N. H. AU - Rokhsar, D. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Insights into bilaterian evolution from three spiralian genomes JO - Nature VL - 493 UR - https://doi.org/10.1038/nature11696 DO - 10.1038/nature11696 ID - Simakov2013 ER - TY - JOUR AU - Luo, Y. J. AU - Kanda, M. AU - Koyanagi, R. AU - Hisata, K. AU - Akiyama, T. AU - Sakamoto, H. AU - Sakamoto, T. AU - Satoh, N. PY - 2018 DA - 2018// TI - Nemertean and phoronid genomes reveal lophotrochozoan evolution and the origin of bilaterian heads JO - Nat Eco Evol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/s41559-017-0389-y DO - 10.1038/s41559-017-0389-y ID - Luo2018 ER - TY - JOUR AU - Budd, G. AU - Jensen, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla JO - Biol Rev VL - 75 UR - https://doi.org/10.1017/S000632310000548X DO - 10.1017/S000632310000548X ID - Budd2000 ER - TY - JOUR AU - Hu, H. AU - Uesaka, M. AU - Guo, S. AU - Shimai, K. AU - Lu, T. AU - Li, F. AU - Fujimoto, S. AU - Ishikawa, M. AU - Liu, S. AU - Sasagawa, Y. AU - Zhang, G. AU - Kuratani, S. AU - Yu, J. AU - Kusakabe, T. G. AU - Khaitovich, P. AU - Irie, N. PY - 2018 DA - 2018// TI - The EXPANDE consortium Constrained vertebrate evolution by pleiotropic genes JO - Nat Ecol Evol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/s41559-017-0318-0 DO - 10.1038/s41559-017-0318-0 ID - Hu2018 ER - TY - JOUR AU - Duboule, D. PY - 1994 DA - 1994// TI - Temporal colinearity and the phylotypic progression: a basis for the stability of a vertebrate Bauplan and the evolution of morphologies through heterochrony JO - Dev Suppl VL - 1994 ID - Duboule1994 ER - TY - STD TI - Raff R. The shape of life. Chicago: The university of Chicago press; 1996. ID - ref65 ER - TY - JOUR AU - Sander, K. PY - 1976 DA - 1976// TI - Specification of the basic body pattern in insect embryogenesis JO - Adv Insect Physiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2806(08)60255-6 DO - 10.1016/S0065-2806(08)60255-6 ID - Sander1976 ER - TY - JOUR AU - Hazkani-Covo, E. AU - Wool, D. AU - Graur, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - In search of the vertebrate phylotypic stage: a molecular examination of the developmental hourglass model and von Baer’s third law JO - J Exp Zool B Mol VL - 304 UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21033 DO - 10.1002/jez.b.21033 ID - Hazkani-Covo2005 ER - TY - JOUR AU - Irie, N. AU - Sehara-Fujisawa, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The vertebrate phylotypic stage and an early bilaterian-related stage in mouse embryogenesis defined by genomic information JO - BMC Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1741-7007-5-1 DO - 10.1186/1741-7007-5-1 ID - Irie2007 ER - TY - JOUR AU - Domazet-Loso, T. AU - Tautz, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - A phylogenetically based transcriptome age index mirrors ontogenetic divergence patterns JO - Nature VL - 468 UR - https://doi.org/10.1038/nature09632 DO - 10.1038/nature09632 ID - Domazet-Loso2010 ER - TY - JOUR AU - Irie, N. AU - Kuratani, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparative transcriptome analysis reveals vertebrate phylotypic period during organogenesis JO - Nat Commun VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms1248 DO - 10.1038/ncomms1248 ID - Irie2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Pascual-Anaya, J. AU - Zadissa, A. AU - Li, W. AU - Niimura, Y. AU - Huang, Z. AU - Li, C. AU - White, S. AU - Xiong, Z. AU - Fang, D. AU - Wang, B. AU - Ming, Y. AU - Chen, Y. AU - Zheng, Y. AU - Kuraku, S. AU - Pignatelli, M. AU - Herrero, J. AU - Beal, K. AU - Nozawa, M. AU - Li, Q. AU - Wang, J. AU - Zhang, H. AU - Yu, L. AU - Shigenobu, S. AU - Wang, J. AU - Liu, J. AU - Flicek, P. AU - Searle, S. AU - Wang, J. AU - Kuratani, S. AU - Yin, Y. AU - Aken, B. AU - Zhang, G. AU - Irie, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2615 DO - 10.1038/ng.2615 ID - Wang2013 ER - TY - JOUR AU - Kalinka, A. T. AU - Varga, K. M. AU - Gerrard, D. T. AU - Preibisch, S. AU - Corcoran, D. L. AU - Jarrells, J. AU - Ohler, U. AU - Bergman, C. M. AU - Tomancak, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene expression divergence recapitulates the developmental hourglass model JO - Nature VL - 468 UR - https://doi.org/10.1038/nature09634 DO - 10.1038/nature09634 ID - Kalinka2010 ER - TY - JOUR AU - Levin, M. AU - Hashimshony, T. AU - Wagner, F. AU - Yanai, I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Developmental milestones punctuate gene expression in the Caenorhabditis embryo JO - Dev Cell VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2012.04.004 DO - 10.1016/j.devcel.2012.04.004 ID - Levin2012 ER - TY - JOUR AU - Zalts, H. AU - Yanai, I. PY - 2017 DA - 2017// TI - Developmental constraints shape the evolution of the nematode mid-developmental transition JO - Nat Ecol Evol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/s41559-017-0113 DO - 10.1038/s41559-017-0113 ID - Zalts2017 ER - TY - JOUR AU - Xu, F. AU - Domazet-Lošo, T. AU - Fan, D. AU - Dunwell, T. L. AU - Li, L. AU - Fang, X. AU - Zhang, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - High expression of new genes in trochophore enlightening the ontogeny and evolution of trochozoans JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep34664 DO - 10.1038/srep34664 ID - Xu2016 ER - TY - JOUR AU - Levin, M. AU - Anavy, L. AU - Cole, A. G. AU - Winter, E. AU - Mostov, N. AU - Khair, S. AU - Senderovich, N. AU - Kovalev, E. AU - Silver, D. H. AU - Feder, M. AU - Fernandez-Valverde, S. L. AU - Nakanishi, N. AU - Simmons, D. AU - Simakov, O. AU - Larsson, T. AU - Liu, S. Y. AU - Jerafi-Vider, A. AU - Yaniv, K. AU - Ryan, J. F. AU - Martindale, M. Q. AU - Rink, J. C. AU - Arendt, D. AU - Degnan, S. M. AU - Degnan, B. M. AU - Hashimshony, T. AU - Yanai, I. PY - 2016 DA - 2016// TI - The mid-developmental transition and the evolution of animal body plans JO - Nature VL - 531 UR - https://doi.org/10.1038/nature16994 DO - 10.1038/nature16994 ID - Levin2016 ER - TY - JOUR AU - Dunn, C. W. AU - Zapata, F. AU - Munro, C. AU - Siebert, S. AU - Hejnol, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Pairwise comparisons across species are problematic when analyzing functional genomic data JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 115 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1707515115 DO - 10.1073/pnas.1707515115 ID - Dunn2018 ER - TY - JOUR AU - Irie, N. AU - Kuratani, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - The developmental hourglass model: a predictor of the basic body plan? JO - Development VL - 141 UR - https://doi.org/10.1242/dev.107318 DO - 10.1242/dev.107318 ID - Irie2014 ER - TY - JOUR AU - Irie, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Remaining questions related to the hourglass model in vertebrate evolution JO - Curr Opin Genet Dev VL - 45 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2017.04.004 DO - 10.1016/j.gde.2017.04.004 ID - Irie2017 ER - TY - JOUR AU - Uchida, Y. AU - Uesaka, M. AU - Yamamoto, T. AU - Takeda, H. AU - Irie, N. PY - 2018 DA - 2018// TI - Embryonic lethality is not sufficient to explain hourglass-like conservation of vertebrate embryos JO - EvoDevo VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13227-018-0095-0 DO - 10.1186/s13227-018-0095-0 ID - Uchida2018 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Two-headed mutants of the lamprey, a basal vertebrate JO - Zool Lett VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-016-0058-z DO - 10.1186/s40851-016-0058-z ID - Suzuki2016 ER - TY - BOOK AU - Romer, A. S. AU - Parsons, T. S. PY - 1977 DA - 1977// TI - The Vertebrate Body PB - Saunders CY - Philadelphia ID - Romer1977 ER - TY - CHAP AU - Jefferies, R. P. S. PY - 1986 DA - 1986// TI - The ancestry of the Vertebrates BT - British museum (natural history) ID - Jefferies1986 ER - TY - JOUR AU - Schaeffer, B. PY - 1987 DA - 1987// TI - Deuterostome monophyly and phylogeny JO - Evol Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4615-6986-2_8 DO - 10.1007/978-1-4615-6986-2_8 ID - Schaeffer1987 ER - TY - BOOK AU - Baer, K. E. PY - 1828 DA - 1828// TI - Uber Entwickelungsgeschichte der Thiere PB - Beobachtung und Reflektion CY - Koenigsberg ID - Baer1828 ER - TY - JOUR AU - Noden, D. M. PY - 1984 DA - 1984// TI - Craniofacial development: new views on old problems JO - Anat Rec VL - 208 UR - https://doi.org/10.1002/ar.1092080103 DO - 10.1002/ar.1092080103 ID - Noden1984 ER - TY - JOUR AU - Noden, D. M. PY - 1986 DA - 1986// TI - Origins and patterning of craniofacial mesenchymal tissues JO - J Craniofac Genet Dev Biol Suppl VL - 2 ID - Noden1986 ER - TY - JOUR AU - Noden, D. M. PY - 1988 DA - 1988// TI - Interactions and fates of avian craniofacial mesenchyme JO - Development VL - 103 ID - Noden1988 ER - TY - JOUR AU - Shone, V. AU - Oulion, S. AU - Casane, D. AU - Laurenti, P. AU - Graham, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Mode of reduction in the number of pharyngeal segments within the sarcopterygians JO - Zool Lett VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-016-0043-6 DO - 10.1186/s40851-016-0043-6 ID - Shone2016 ER - TY - STD TI - Carroll RL. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge: Cambridge Univ Press; 1997. ID - ref90 ER - TY - STD TI - Rosenberg A. The character concept: Adaptationalism to molecular developments. In: Wagner GP, editor. The character concept in evolutionary biology. Cambridge: Academic Press; 2001. p. 199–214. ID - ref91 ER - TY - BOOK AU - Haeckel, E. PY - 1877 DA - 1877// TI - Anthropogenie, oder, Entwickelungsgeschichte des menschen PB - Keimes-und stammesgeschichte CY - W Engelmann ID - Haeckel1877 ER - TY - JOUR AU - Forey, P. AU - Janvier, P. PY - 1993 DA - 1993// TI - Agnathans and the origin of jawed vertebrates JO - Nature VL - 361 UR - https://doi.org/10.1038/361129a0 DO - 10.1038/361129a0 ID - Forey1993 ER - TY - BOOK AU - Janvier, P. PY - 1996 DA - 1996// TI - Early Vertebrates PB - Oxford Scientific Publications CY - New York ID - Janvier1996 ER - TY - BOOK AU - Hall, B. K. PY - 1999 DA - 1999// TI - The neural crest in development and evolution PB - Springer Verlag CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4757-3064-7 DO - 10.1007/978-1-4757-3064-7 ID - Hall1999 ER - TY - JOUR AU - Mallatt, J. AU - Sullivan, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - 28S and 18S rDNA sequences support the monophyly of lampreys and hagfishes JO - Mol Biol Evol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 ID - Mallatt1998 ER - TY - JOUR AU - Kuraku, S. AU - Hoshiyama, D. AU - Katoh, K. AU - Suga, H. AU - Miyata, T. PY - 1999 DA - 1999// TI - Monophyly of lampreys and hagfishes supported by nuclear DNA-coded genes JO - J Mol Evol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1007/PL00006595 DO - 10.1007/PL00006595 ID - Kuraku1999 ER - TY - JOUR AU - Delarbre, C. AU - Gallut, C. AU - Barriel, V. AU - Janvier, P. AU - Gachelin, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Complete mitochondrial DNA of the hagfish, Eptatretsu burgeri: the comparative analysis of mitochondrial DNA sequences strongly supports the cyclostome monophyly JO - Mol Phylogenet Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1006/mpev.2001.1045 DO - 10.1006/mpev.2001.1045 ID - Delarbre2002 ER - TY - JOUR AU - Takezaki, N. AU - Figueroa, F. AU - Zaleska-Rutczynska, Z. AU - Klein, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular phylogeny of early vertebrates: monophyly of the agnathans as revealed by sequences of 35 genes JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg040 DO - 10.1093/molbev/msg040 ID - Takezaki2003 ER - TY - JOUR AU - Kuraku, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Insights into cyclostome phylogenomics: pre-2R or post-2R? JO - Zool Sci VL - 25 UR - https://doi.org/10.2108/zsj.25.960 DO - 10.2108/zsj.25.960 ID - Kuraku2008 ER - TY - JOUR AU - Mallat, J. AU - Winchell, C. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Ribosomal RNA genes and deuterostome phylogeny revisited: more cyclostomes, elasmobranchs, reptiles, and a brittle star JO - Mo Phylogenet Evol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2006.11.023 DO - 10.1016/j.ympev.2006.11.023 ID - Mallat2007 ER - TY - JOUR AU - Heimberg, A. M. AU - Coper-Sal-lari, R. AU - Sémon, M. AU - Donoghue, P. C. J. AU - Peterson, K. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - microRNAs reveal the interrelationships of hagfish, lampreys, and gnathostomes and the nature of the ancestral vertebrate JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1010350107 DO - 10.1073/pnas.1010350107 ID - Heimberg2010 ER - TY - STD TI - Kuraku S, Ota KG, Kuratani S. Jawless fishes (Cyclostomata) In: Hedges SB, Kumar S, editors. The Timetree of Life. Oxford: Oxford University Press; 2009. p. 317–9. ID - ref103 ER - TY - JOUR AU - Oisi, Y. AU - Ota, K. G. AU - Fujimoto, S. AU - Kuratani, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Craniofacial development of hagfishes and the evolution of vertebrates JO - Nature VL - 493 UR - https://doi.org/10.1038/nature11794 DO - 10.1038/nature11794 ID - Oisi2013 ER - TY - JOUR AU - Oisi, Y. AU - Ota, K. G. AU - Fujimoto, S. AU - Kuratani, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Development of the chondrocranium in hagfishes, with special reference to the early evolution of vertebrates JO - Zool Sci VL - 30 UR - https://doi.org/10.2108/zsj.30.944 DO - 10.2108/zsj.30.944 ID - Oisi2013 ER - TY - JOUR AU - Ota, K. G. AU - Kuratani, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - History of scientific endeavours towards the hagfish embryology JO - Zool Sci VL - 23 UR - https://doi.org/10.2108/zsj.23.403 DO - 10.2108/zsj.23.403 ID - Ota2006 ER - TY - JOUR AU - Kuratani, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolution of the vertebrate jaw from developmental perspectives JO - Evol Dev VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2011.00523.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2011.00523.x ID - Kuratani2012 ER - TY - JOUR AU - Kuratani, S. AU - Ahlberg, P. E. PY - 2018 DA - 2018// TI - Evolution of the vertebrate neurocranium: problems of the premandibular domain and trabecula JO - Zool Lett VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-017-0083-6 DO - 10.1186/s40851-017-0083-6 ID - Kuratani2018 ER - TY - JOUR AU - Jeffery, W. R. AU - Swalla, B. J. PY - 1992 DA - 1992// TI - Evolution of alternate modes of development in ascidians JO - BioEssays VL - 14 UR - https://doi.org/10.1002/bies.950140404 DO - 10.1002/bies.950140404 ID - Jeffery1992 ER - TY - JOUR AU - Northcutt, R. G. AU - Gans, C. PY - 1983 DA - 1983// TI - The genesis of neural crest and epidermal placodes: a reinterpretation of vertebrate origins JO - Q Rev Biol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1086/413055 DO - 10.1086/413055 ID - Northcutt1983 ER - TY - JOUR AU - Jeffery, W. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Ascidian neural crest-like cells: phylogenetic distribution, relationship to larval complexity, and pigment cell fate JO - J Exp Zool (Mol Dev Evol) VL - 306B UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21109 DO - 10.1002/jez.b.21109 ID - Jeffery2006 ER - TY - JOUR AU - Jeffery, W. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Chordate ancestry of the neural crest: new insights from ascidians JO - Semin Cell Dev Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2007.04.005 DO - 10.1016/j.semcdb.2007.04.005 ID - Jeffery2007 ER - TY - JOUR AU - Jeffery, W. R. AU - Strickler, A. G. AU - Yamamoto, Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - Migratory neural crest-like cells form body pigmentation in a urochordate embryo JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02975 DO - 10.1038/nature02975 ID - Jeffery2004 ER - TY - JOUR AU - Jeffery, W. R. AU - Chiba, T. AU - Krajka, F. R. AU - Deyts, C. AU - Satoh, N. AU - Joly, J. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Trunk lateral cells are neural crest-like cells in the ascidian Ciona intestinalis: insights into the ancestry and evolution of the neural crest JO - Dev Biol VL - 324 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2008.08.022 DO - 10.1016/j.ydbio.2008.08.022 ID - Jeffery2008 ER - TY - JOUR AU - Sauka-Spengler, T. AU - Meulemans, D. AU - Jones, M. AU - Bronner-Fraser, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Ancient evolutionary origin of the neural crest gene regulatory network JO - Dev Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2007.08.005 DO - 10.1016/j.devcel.2007.08.005 ID - Sauka-Spengler2007 ER - TY - JOUR AU - Meulemans, D. AU - Bronner-Fraser, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Insights from amphioxus into the evolution of vertebrate cartilage JO - PlosOne VL - 2 ID - Meulemans2007 ER - TY - JOUR AU - Abitua, P. B. AU - Wanger, E. AU - Navarrete, I. A. AU - Levine, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of a rudimentary neural crest in a non-vertebrate chordate JO - Nature VL - 492 UR - https://doi.org/10.1038/nature11589 DO - 10.1038/nature11589 ID - Abitua2012 ER - TY - JOUR AU - Stolfi, A. AU - Ryan, K. AU - Meinertzhagen, I. A. AU - Christiaen, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Migratory neuronal progenitors arise from the neural plate borders in tunicates JO - Nature VL - 527 UR - https://doi.org/10.1038/nature15758 DO - 10.1038/nature15758 ID - Stolfi2015 ER - TY - JOUR AU - Holland, P. W. H. AU - Holland, L. Z. AU - Williams, N. A. AU - Holland, N. D. PY - 1992 DA - 1992// TI - An amphioxus homeobox gene: sequence conservation, spatial expression during development and insights into vertebrate evolution JO - Development VL - 116 ID - Holland1992 ER - TY - JOUR AU - Holland, N. D. AU - Chen, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Origin and early evolution of the vertebrates: new insights from advances in molecular biology, anatomy and palaeontology JO - Bioessays VL - 23 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-5 DO - 3.0.CO;2-5 ID - Holland2001 ER - TY - JOUR AU - Holland, L. Z. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chordate roots of the vertebrate nervous system: expanding the molecular toolkit JO - Nat Rev Neurosci VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrn2703 DO - 10.1038/nrn2703 ID - Holland2009 ER - TY - JOUR AU - Holland, L. Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evolution of basal deuterostome nervous systems JO - J Exp Biol VL - 218 UR - https://doi.org/10.1242/jeb.109108 DO - 10.1242/jeb.109108 ID - Holland2015 ER - TY - JOUR AU - Holland, L. Z. AU - Carvalho, J. E. AU - Escriva, H. AU - Laudet, V. AU - Schubert, M. AU - Shimeld, S. M. AU - Yu, J. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Evolution of bilaterian central nervous systems: a single origin? JO - EvoDevo VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/2041-9139-4-27 DO - 10.1186/2041-9139-4-27 ID - Holland2013 ER - TY - JOUR AU - Sugahara, F. AU - Pascual-Anaya, J. AU - Oisi, Y. AU - Kuraku, S. AU - Aota, S. AU - Adachi, N. AU - Takagi, W. AU - Hirai, T. AU - Sato, N. AU - Murakami, Y. AU - Kuratani, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Evidence from cyclostomes for complex regionalization of the ancestral vertebrate brain JO - Nature VL - 531 UR - https://doi.org/10.1038/nature16518 DO - 10.1038/nature16518 ID - Sugahara2016 ER - TY - JOUR AU - Kuratani, S. PY - 1997 DA - 1997// TI - Spatial distribution of postotic crest cells defines the head/trunk interface of the vertebrate body: embryological interpretation of peripheral nerve morphology and evolution of the vertebrate head JO - Anat Embryol VL - 195 UR - https://doi.org/10.1007/s004290050020 DO - 10.1007/s004290050020 ID - Kuratani1997 ER - TY - JOUR AU - Holland, L. Z. AU - Kene, M. AU - Williams, N. A. AU - Holland, N. D. PY - 1997 DA - 1997// TI - Sequence and embryonic expression of the amphioxus engrailed gene (AmphiEn): the metameric pattern of transcription resembles that of its segment-polarity homolog in Drosophila JO - Development VL - 124 ID - Holland1997 ER - TY - JOUR AU - Neal, H. V. PY - 1898 DA - 1898// TI - The segmentation of the nervous system in Squalus acanthias JO - Bull Mus Comp Zool VL - 31 ID - Neal1898 ER - TY - JOUR AU - Kuratani, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evolutionary developmental studies of cyclostomes and origin of the vertebrate neck. Dev JO - Growth Diff VL - 50 UR - https://doi.org/10.1111/j.1440-169X.2008.00985.x DO - 10.1111/j.1440-169X.2008.00985.x ID - Kuratani2008 ER - TY - BOOK AU - Goodrich, E. S. PY - 1930 DA - 1930// TI - Structure and development of vertebrates PB - Macmillan CY - London UR - https://doi.org/10.5962/bhl.title.82144 DO - 10.5962/bhl.title.82144 ID - Goodrich1930 ER - TY - BOOK AU - Beer, G. R. PY - 1937 DA - 1937// TI - The development of the vertebrate skull PB - Oxford University Press CY - London ID - Beer1937 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, D. G. AU - Fukumoto, Y. AU - Yoshimura, M. AU - Yamazaki, Y. AU - Kosaka, J. AU - Kuratani, S. AU - Wada, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Comparative morphology and development of extra-ocular muscles in the lamprey and gnathostomes reveal the ancestral state and developmental patterns of the vertebrate head JO - Zool Lett VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-016-0046-3 DO - 10.1186/s40851-016-0046-3 ID - Suzuki2016 ER - TY - STD TI - Wiedersheim R. Vergleichende Anatomie der Wirbeltiere: Für Studierende bearb. 7te Auflage. G: Fischer; 1909. ID - ref132 ER - TY - CHAP AU - Gaupp, E. PY - 1906 DA - 1906// TI - Die Entwicklung des Kopfskelettes BT - Handbuch der vergleichenden und experimentalen Entwickelungsgeschichte der Wirbeltiere, Bd. 3, Theil. 2 ID - Gaupp1906 ER - TY - JOUR AU - Jollie, M. T. PY - 1977 DA - 1977// TI - Segmentation of the vertebrate head JO - Am Zool VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/icb/17.2.323 DO - 10.1093/icb/17.2.323 ID - Jollie1977 ER - TY - JOUR AU - Kuratani, S. AU - Oisi, Y. AU - Ota, K. G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Evolution of the vertebrate cranium: viewed from the hagfish developmental studies JO - Zool Sci VL - 33 UR - https://doi.org/10.2108/zs150187 DO - 10.2108/zs150187 ID - Kuratani2016 ER - TY - JOUR AU - Hirasawa, T. AU - Kuratani, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evolution of the vertebrate skeleton - morphology, embryology and development JO - Zool Lett VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-014-0007-7 DO - 10.1186/s40851-014-0007-7 ID - Hirasawa2015 ER - TY - STD TI - Ota GK, Kuratani S. ‘Evolutionary Origin of Bone and Cartilage in Vertebrates. In: Pourquié O, editor. Cold Spring Harbor Monograph Series 53, The Skeletal System: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2009. p. 1–18. ID - ref137 ER - TY - STD TI - Hirasawa T, Oisi Y, Kuratani S. Palaeospondylus as a primitive hagfish. Zool Lett. 2016;2:20. ID - ref138 ER - TY - BOOK AU - Willey, A. PY - 1894 DA - 1894// TI - Amphioxus and the ancestry of the Vertebrates PB - Macmillan CY - New York UR - https://doi.org/10.5962/bhl.title.55924 DO - 10.5962/bhl.title.55924 ID - Willey1894 ER - TY - JOUR AU - Urata, M. AU - Yamaguchi, N. AU - Henmi, Y. AU - Yasui, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Larval development of the oriental lancelet, Branchiostoma belcheri in laboratory mass culture JO - Zool Sci VL - 24 UR - https://doi.org/10.2108/zsj.24.787 DO - 10.2108/zsj.24.787 ID - Urata2007 ER - TY - JOUR AU - Kaji, T. AU - Aizawa, S. AU - Uemura, M. AU - Yasui, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Establishement of left-right asymmetric innervation in the lancelet oral region JO - J Comp Neurol VL - 435 UR - https://doi.org/10.1002/cne.1039 DO - 10.1002/cne.1039 ID - Kaji2001 ER - TY - JOUR AU - Fritzsch, B. AU - Northcutt, G. PY - 1993 DA - 1993// TI - Cranial and spinal nerve organization in Amphioxus and lampreys: evidence for an ancestral craniate pattern JO - Act Anat VL - 148 UR - https://doi.org/10.1159/000147529 DO - 10.1159/000147529 ID - Fritzsch1993 ER - TY - JOUR AU - Kaji, T. AU - Reimer, J. D. AU - Morov, A. R. AU - Kuratani, S. AU - Yasui, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Amphioxus mouth after dorso-ventral inversion JO - Zool Lett VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-016-0038-3 DO - 10.1186/s40851-016-0038-3 ID - Kaji2016 ER - TY - JOUR AU - Froriep, A. PY - 1882 DA - 1882// TI - Über ein Ganglion des Hypoglossus und Wirbelanlagen in der Occipitalregion JO - Arch Anat Physiol VL - 1882 ID - Froriep1882 ER - TY - JOUR AU - Kuratani, S. AU - Tanaka, S. AU - Ishikawa, Y. AU - Zukeran, C. PY - 1988 DA - 1988// TI - Early development of the hypoglossal nerve in the chick embryo as observed by the whole-mount staining method JO - Am J Anat VL - 182 UR - https://doi.org/10.1002/aja.1001820206 DO - 10.1002/aja.1001820206 ID - Kuratani1988 ER - TY - JOUR AU - Matsuoka, T. AU - Ahlberg, P. E. AU - Kessaris, N. AU - Iannarelli, P. AU - Dennehy, U. AU - Richardson, W. D. AU - McMahon, A. P. AU - Koentges, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Neural crest origins of the neck and shoulder JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03837 DO - 10.1038/nature03837 ID - Matsuoka2005 ER - TY - JOUR AU - Oisi, Y. AU - Fujimoto, S. AU - Ota, K. G. AU - Kuratani, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - On the peculiar morphology and development of the hypoglossal, glossopharyngeal and vagus nerves and hypobranchial muscles in the hagfish JO - Zool Lett VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-014-0005-9 DO - 10.1186/s40851-014-0005-9 ID - Oisi2015 ER - TY - JOUR AU - Tada, M. AU - Kuratani, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evolutional and developmental understanding of the spinal accessory nerve JO - Zool Lett VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-014-0006-8 DO - 10.1186/s40851-014-0006-8 ID - Tada2015 ER - TY - BOOK AU - Basic Structure, J. E. PY - 1980 DA - 1980// TI - Evolution of Vertebrates PB - Academic Press CY - New York ID - Basic Structure1980 ER - TY - BOOK AU - Oken, L. PY - 1807 DA - 1807// TI - Über die Bedeutung der Schädelknochen ID - Oken1807 ER - TY - BOOK AU - Goethe, J. W. PY - 1824 DA - 1824// TI - Schädelgrüst aus sechs Wirbelknochen aufgebaut. Zur Morphologie, Band 2, Heft 2 ID - Goethe1824 ER - TY - STD TI - Vicq D’, Azyr F. Observations anatomiques sur trois Singes appelés le Mandrill, le Callitriche et le Macaque; suivies de qu elques Réflexions sur plusieurs points d’Anatomie comparée: Mém de Mathém.et Physique de l’Acad Roy d Sciences; 1780. ID - ref152 ER - TY - JOUR AU - Balfour, F. M. PY - 1878 DA - 1878// TI - The development of the elasmobranchial fishes JO - J Anat Physiol VL - 11 ID - Balfour1878 ER - TY - STD TI - van Wijhe JW. Über die Mesodermsegmente und die Entwicklung der Nerven des Selachierkopfes. Ver. Akad. Wiss, Amsterdam, Groningen; 1882;p. 1–50. ID - ref154 ER - TY - JOUR AU - Kuratani, S. AU - Adachi, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - What are head cavities? - history of studies on the vertebrate head segmentation JO - Zool Sci VL - 33 UR - https://doi.org/10.2108/zs150181 DO - 10.2108/zs150181 ID - Kuratani2016 ER - TY - JOUR AU - Adachi, N. AU - Kuratani, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Development of head and trunk mesoderm in a dogfish, Scyliorhinus torazame. I. Embryology and morphology of the head cavities and related structures JO - Evol Dev VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2012.00542.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2012.00542.x ID - Adachi2012 ER - TY - JOUR AU - Adachi, N. AU - Takechi, M. AU - Hirai, T. AU - Kuratani, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Development of the head and trunk mesoderm in the dogfish, Scyliorhinus torazame. II. Comparison of gene expressions between the head mesoderm and somites with reference to the origin of the vertebrate head JO - Evol Dev VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2012.00543.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2012.00543.x ID - Adachi2012 ER - TY - JOUR AU - Onai, T. AU - Aramaki, T. AU - Inomata, H. AU - Hirai, T. AU - Kuratani, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ancestral mesodermal reorganization and evolution of the vertebrate head JO - Zool Lett VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-015-0030-3 DO - 10.1186/s40851-015-0030-3 ID - Onai2015 ER - TY - JOUR AU - Onai, T. AU - Aramaki, T. AU - Inomata, H. AU - Hirai, T. AU - Kuratani, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - On the origin of vertebrate somites JO - Zool Lett VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/s40851-015-0033-0 DO - 10.1186/s40851-015-0033-0 ID - Onai2015 ER - TY - JOUR AU - Masterman, A. T. PY - 1898 DA - 1898// TI - On the theory of archimeric segmentation and its bearing upon the phyletic classification of the chordata JO - Proc Roy Acad Sci Edinburgh VL - 22 ID - Masterman1898 ER - TY - JOUR AU - Zur Metamerie, R. A. PY - 1963 DA - 1963// TI - Metamerism und Metamerisation bei Wirbeltiere JO - Zool Anz VL - 170 ID - Zur Metamerie1963 ER - TY - CHAP AU - Remane, A. ED - Dougherty, E. C. PY - 1963 DA - 1963// TI - The enterocoelic origin of the coelom BT - The lower Metazoa ID - Remane1963 ER - TY - STD TI - Starck D. Vergleichende Anatomie der Wirbeltiere auf evolutionsbiologischer Grundlage. 1. Theoretische Grundlagen; Stammesgeschichte und Systematik unter Berücksichtung der diederen Chordata: Springer; 1978. ID - ref163 ER - TY - STD TI - Wedin, B. The Anterior Mesoblast in Some Lower Vertebrates - A Comparative Study of the Ontogenetic Development of the Anterior Mesoblast in Petromyzon, Etmopterus, Torpedo, et al. Lund: Hakan Ohlsson Boktryckeri. 1949. ID - ref164 ER -